据《香港商报》报道，港铁车务工程总管李家润透露，对港铁东铁线红磡站列车出轨事故展开调查后，于路轨再发现一条新的裂纹，即至今在路轨共发现4处裂纹，将会邀请专家及进行计算机仿真研究是否是事故原因。港铁及机电工程署初步未发现出事路轨上有明显外物。
港铁18日深夜公布，由于工程人员需要较多时间复修通往1号月台的路轨设备，18日晚未能将未出轨的6卡车移返车厂，故此东铁线19日早继续只能使用红磡站4号月台，列车服务将与18日一样。
18日凌晨时分，大批工程人员先后用缆索固定出轨的第五及第六节车厢，然后用吊臂车将车厢移正在路轨，再拖回车厂检查，又在路轨进行详细检查。港铁在清晨5时45分安排列车试行；早上6时许，红磡站开出首班往罗湖的列车。
港铁表示，经过修复红磡站可开放1个月台服务，红磡至旺角东站维持7分钟一班，旺角东站至罗湖站维持3分半钟一班，大埔墟站至落马洲站维持12分钟一班。港铁指出，为确保安全，红磡站至旺角东站路段改为人手操作和慢驶，旺角东站至罗湖站则维持正常运作。有乘客表示，车程只较平日稍长，属可以接受范围，他并不担心安全问题。
港铁17日于现场发现出事路轨有3处缺损，其中2处路轨有3厘米裂纹。港铁车务工程总管李家润18日早于一个电台节目中透露，调查后再发现一条新的裂纹，大约1至2毫米阔，即至今在路轨共发现4处裂纹。他认为新裂纹是事后出现的机会较大，但要待专家透过计算机仿真重组事件，深入研究裂纹的因果关系；暂时看不见路轨上有明显外来物导致出轨事故。
香港特区政府机电工程署署理助理署长张剑清亦在电台节目称：“初步调查有两处断轨及两处裂纹，断轨即是由头到尾裂开，裂纹就不是头到尾裂开，只是数毫米的裂缝。两个断轨一个是30毫米，另一处45毫米，相信是当列车移走后，路轨可能有点移位。专家或我们都会取路轨做物料检查，看看这个断裂是因还是果。”
对有专家指是“波口位”出问题导致出轨，李家润表示，暂时看不到是“波口位”出事，现场所见所有“波口位”都在计算机系统要求的正常位置。他又说，早前更换的路轨大约长8米，距离涉事现场过百米，所有损伤的地方都不在新更换的路轨上。
铁路信号工程学会香港分会副会长张年生在另一个电台节目称，由于事发时头三卡列车已前往一号月台方向，惟第四卡车仍向四号月台方向前进，因此推断是“波口位”出现机件故障引致意外的机会，较其他推断的机会高。他强调，过往“波口位”意外致出轨的情况相当罕见，过去近20年仅出现一次。
另外，出轨事故导致城际客运直通车的服务受到影响，18日除3班由红磡开出的直通车，包括Z806、Z812、Z816，3班由广州开出的直通车，包括Z811、Z817、Z805，该6班次可行驶外，其他班次均取消。城际客运会为受影响的旅客安排退票，受影响旅客可于即日起的30日内到香港或内地售票点办理退票手续。
